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在進行搖瓶機試驗前，首先檢查搖瓶機各部件，檢查氣源、電源、管路、壓力表、密封等是否正常，特別強調的是搖瓶機做為精度，高科技的儀器，搖瓶機每個過程都由精準的程序控制，所以要求實驗人員在操作前必須對搖瓶機的各個按鈕，流程熟練掌握，詳細閱讀搖瓶機說明書，及實驗室儀器安全操作規程。掌握了搖瓶機的基本操作要領后，逐步按以下步驟進行搖瓶機細菌培養試驗：

 
第一步：搖瓶機復蘇：根據所培養的細菌選擇適宜的培養基，大部分細菌在lb培養基中在超凈工作臺先用1毫升左右的適宜的培養基溶解冷凍菌，然后轉移到10毫升中試管（放入4毫升液體培養基）中，一般在37攝氏度搖床靜止或低轉速培養12小時或者過夜（溫度取決于所培養的細菌適宜生長的溫度）。
 
第二步：搖瓶機平板劃線培養：在平板（瓊脂+液體培養基）劃線，放37攝氏度培養箱培養箱中倒置培養6小時~12小時，在平板上觀察是否形成了單菌落.
 
第三步：搖瓶機挑單菌落：在超凈臺中挑選典型單菌落，置入10毫升中試管（內有5毫升液體培養基）中，在37攝氏度搖床，轉速200轉培養12小時或者過夜，肉眼能看到試管渾濁。
 
第四步：搖瓶機按照1：20的比例將中試管中的菌液移到250毫升三角瓶（放入100毫升液體培養基），培養條件同前。注意：所有的接種操作均需要在層流罩中，培養基應無菌。

以上四步，搖瓶機是一般細菌培養都會涉及到的步驟，有些操作人員在實際搖瓶機試驗過程中有時會省略復蘇這一環節，直接拿燒熱的接種環挑些菌液冰水，在平板上劃線培養，等長出菌落后，選取合適的菌落搖瓶機培養。另外，要提醒大家的是：（1）搖瓶機是搖轉方式進行混合攪拌，而發酵罐是直接機械攪拌;（2）搖瓶機發酵罐可以取樣或者儀表時時檢測，但是搖瓶機因為量小不能方便的進行控制和檢測。